شرکت پایندان از ۱۷ کارگروه تخصصی به شرح ذیل تشکیل شده است :

• کمیته تعالی
• کمیته آموزش
• کمیته ریسک
• کمیته دانش
• نظام پیشنهادات
• کمیسیون معاملات
• کارگروه پاسخ به پیمانکاران (طلبکاران قطعی)
• کمیته جذب
• کمیته نگهداشت (تعدیل) نیرو
• کمیته راهبردی کلان معاونت پالایشگاهی و پتروشیمی
• کمیته راهبردی کلان معاونت خطوط لوله
• کارگروه پروژه های سنواتی
• کارگروه بررسی پیمان های فرعی
• کارگروه تخصیص اعتبارات به طلبکاران
• کمیته تخلفات اداری (انضباطی)
• کارگروه فروش ارز
• کمیته رهبری و استراتژی